Але «чиста наука» ніяк не могла виокремитись із драматичного і напруженого суспільно-політичного життя Росії. Двадцять російських інтелігентів на окремих установчих зборах утворюють таємну політичну спілку «Визволення». Серед них знайомі і друзі Вернадського: Шаховський, Гревс, Ольденбург.
– Ви собі, як хочете, панове, але я можу бути для вас тільки «інтелектуальною парасолькою», – ніяково мружився Володимир Іванович. – У мене стільки справ у науці, от щойно довелось вивчити голландську мову, дуже були цікаві книги цією мовою з історії науки…
Скільки не наголошували друзі на «політичному моменті», завданнях інтелігенції перед масами, «упертий українець» стояв на своєму. А тим часом у Москві збори спілки відбувались у нього на квартирі. «Визволенці» підготували навіть «Записку про потреби російської школи». Товариш Вернадського Ольденбург, уже академік, який мав велику квартиру у Петербурзі, переконував Володимира Івановича, що треба звертатись до властей зі своїми вимогами. Відповідь була дана 9 січня 1905 року з гвинтівок царських солдатів. На решітці Олександрівського саду було застрелено учня Вернадського А. Б. Лурі. Володимир Іванович негайно пише до «Русских ведомостей» гнівну статтю, присвячену пам’яті невинної жертви.
Після появи царського маніфесту про недоторканність особи, свободу слова і зборів «безглузді мрії», за висловом самого Вернадського, знову опановують маси. Вернадський балотується від університету до Державної думи. У своєму «Щоденнику» він записує: «<…> приходиш до необхідності бути діячем у цій державі чи суспільстві, прагнути, щоб воно йшло до свого ідеалу, щоб як ти, так і інші після тебе, досягали найможливішого щастя».
Обраний до Державної думи, Володимир Іванович разом із відомим грузинським поетом і громадським діячем Іллею Чавчавадзе займає в парламенті так звані «ліві лави». Він виступає за скасування смертної кари, а коли непокірна Державна дума була розпущена, він з членами лівої групи їде