Інтелектуальна Європа, свобода висловлення думок, спілкування з відданими служителями науки не минули даремно. Володимир Іванович систематизує свої знання, прагне до об’єднання різних підходів до наукового пізнання. І ось урешті в Петербурзі він читає лекцію «Про поліморфізм як загальну властивість матерії». Уражені науковою ерудицією лектора, його привітали Докучаєв і Тимірязєв.
Окрилений успіхом, за настійливим проханням Докучаєва Вернадський пише до словника Брокгауза і Єфрона статтю про генезис мінералів.
Докучаєв звертається до Вернадського як до знавця з мінералогії, кристалофізики і хімії, щоб він з’ясував «індивідуальність і життя кристалічних неподільних». Сам Володимир Іванович відповідав учителю, що він бачить у кристалах відсутність зв’язку з живими істотами. На його думку, всі спроби побачити натяки на переходи, не кажучи вже про ймовірні переходи між сферами органіки та неорганіки, не відповідають фактам. «Індивідуальність» кристала відповідає особливостям хімічного елемента. Кристал – це чистий однорідний стан твердої матерії. Жодні сили, які проявляються в живих організмах, не схожі на кристалічні зв’язки, оскільки живі організми завжди мають різнорідне середовище.
Живе від живого
І тут Вернадський підходить уже до філософського визначення матерії. Він стверджує ідею про матеріально-енергетичну відмінність живого організму від неживих тіл природи. Геніальний розум Вернадського проводить несподівані паралелі між різноманітними явищами, він бачить, коли вжити слова Григорія Сковороди, не фарби, нанесені на полотно, а цілісну картину, малюнок живої натури, уламок величного творіння всесвіту. До речі, мислення Вернадського дуже нагадує сковородинські «ребуси» і систему символів, які також утворювали цілісну картину світу. Вернадський, як і Сковорода, умів поєднати яблуню з її тінню, віднайти першооснову творення, побачити животворний зв’язок між кроною й коренем.
Вернадський з’ясовує, що в хімії земної кори, яка складається в основному з силікатів, розшукати характерні радикали дуже важко, а тому можна робити будь-які висновки лише за готовими продуктами реакцій. Однак за прогресивною теорією «упертого українця» таки вдалося знайти основний радикал, який входив у більшу частину алюмосилікатів – каолінове ядро. За його допомогою Вернадський поєднав майже всі алюмосилікати в єдину систему. Цю теорію будови алюмосилікатів французький учений Ла Шательє назвав геніальною. Підвалиною до цього відкриття була магістерська дисертація «Про групи силіманіту і ролі глинозему в силікатах», яку Володимир Іванович захистив восени 1891 року у Петербурзькому