Вернадський вирішує повністю віддатись науці і вступає на природничий факультут Петербурзького університету, де лекції читали такі світила науки, як Менделєєв, Бутлеров, Бекетов, Докучаєв, Вагнер, Воєйков. Вернадський згодом згадає, що на лекціях Менделєєва, Докучаєва і Бекетова студентам-«неофітам» відкрився новий світ: всі вони палко й енергійно взялися за наукову роботу. На лекціях Менделєєва студенти не тільки вивчали наукові факти та істини, вони пізнавали суспільне життя. Всесвітньовідомий учений був на вершині слави, він став членом багатьох академій та університетів світу. Тільки Російська академія наук забалотувала видатного хіміка. Обуренню передової громадськості та студентства не було меж, Володимир Вернадський теж брав участь у студентських зібраннях, входив у студентське науково-літературне товариство, – потім імена членів цього товариства стали окрасою духовного і громадського життя й передової науки. Воно проіснувало до 1887 року, коли секретар товариства, студент природничого відділення, був страчений за підготовку замаху на імператора Олександра III. Цим студентом був Олександр Ульянов. Про його революційну підпільно-терористичну діяльність ніхто не знав, – члени товариства, і серед них Вернадський, високо цінували цього красивого юнака з пишною шевелюрою. Він був відомий дослідженнями в галузі зоології та хімії. Одна зі студентських робіт Ульянова була відзначена золотою медаллю. Володимир Вернадський у полеміці з членами товариства захищав позицію Льва Толстого, який пропонував цареві помилувати убивць його батька Олександра II.
Удома мати застерігала сина від участі в політиці: батько саме лежав хворий після другого апоплексичного удару. Володимир довго сидів у порожньому кабінеті батька, думаючи: що можна зробити, щоб реалізувати себе, допомогти народу в його нелегкій боротьбі