Таким образом, у католиков не осталось главной претензии к Генриху, как к претенденту на престол. Католическая Лига сопротивления не прекратила, но теперь от нее откололись многие не слишком радикальные приверженцы. В начале 1594 года в Шартре состоялась коронация, и уже в марте новоиспеченного короля-католика приветствовали на улицах города измученные непрекращающимися войнами парижане. Король вошел в город без кровопролития и так же мирно, путем переговоров добился вывода испанского гарнизона. Через некоторое время он испросил у Папы Римского Климента VIII отпущения грехов. Это выбило из рук Католической Лиги последний козырь. Но напряженность существовала еще три года, пока Генрих IV исключительно мирно, путем переговоров и подкупа не перетянул на свою сторону большинство лидеров Лиги.
Естественно, что о своих бывших товарищах по вере Генрих не забыл. В 1598 году в Нанте был издан эдикт, позже получивший название «Нантский». Согласно ему, государственной религией Франции оставался католицизм, но практически на всей территории страны объявлялась свобода вероисповедания. Также гугеноты получали право занимать государственные должности. При парламенте Парижа создавались палаты, рассматривающие дела гугенотов. В эдикте имелась и секретная часть, согласно которой гугеноты получали право на содержание армии. В их распоряжение переходило также около ста укрепленных замков и крепостей. Немного позднее в том же 1598 году Генрих смог добиться заключения мира с Испанией.
Нантский эдикт был враждебно принят многими католиками. Популярность же Генриха среди радикально настроенных гугенотов после очередной смены религии тоже сильно покачнулась. Кроме того, и с той и с другой стороны уже давно сформировалась прослойка людей, для которых религиозные войны стали своеобразным промыслом. Но, тем не менее, король понимал, что лучший,