Также уездный предводитель дворянства показывал пример эффективного управления и в качестве рядового помещика. Очень скоро его имение стало образцовым, что объяснялось как использованием новейшей сельскохозяйственной техники и технологий (например многопольного севооборота), так и найденным взаимопониманием с наёмными работниками. Сельское хозяйство тогда стало подлинным увлечением Столыпина. Как вспоминала фон Бок, её отец целиком погружался в заботы о посевах, покосах, посадках в лесу и работах во фруктовых садах. Вот, например, яркая зарисовка, сохранившаяся навсегда в памяти дочери: «Мой отец в своей непромокаемой шведской куртке, в высоких сапогах, весёлый и бодрый, большими шагами ходит по мокрым скользким дорогам, наблюдая за пахотой, распоряжаясь, порицая или хваля управляющего, приказчика, рабочих. Подолгу мы иногда стоим под дождём, любуясь, как плуг мягко разрезает жирную, блестящую землю».
Уже значительно позднее, будучи губернатором сначала в Гродно, а потом в Саратове, Столыпин изредка приезжал в Колноберже и отдавал детальные указания, что надо делать для получения большего урожая. На замечание одного из соседей-помещиков, что это, дескать, «не губернаторское дело», Пётр Аркадьевич убеждённо ответил: «Не губернаторское, а помещичье, значит важное и нужное».
Советская (а ранее леволиберальная) историография хорошо поработала над тем, чтобы представить помещичье землевладение в России неким сплошным чёрным пятном, концентрировавшим в себе исключительно негативные моменты. Между тем, многие помещичьи имения сыграли важную роль во внедрении в сельское хозяйство передовых методов хозяйствования, что давало ему значительный импульс развития. В отличие от традиционно косной крестьянской общины, многие помещики стремились сделать свои хозяйства образцовыми и максимально повысить их рентабельность за счёт внедрения новых технологий. И если крестьянская община в лучшем случае с трудом могла себя прокормить, то в хорошо поставленных помещичьих хозяйствах добивались рекордных урожаев (которые и составляли основу российского зернового экспорта) и строили мощности по переработке мяса и молока. Другой вопрос, что таких имений было в масштабах России не так уж и много, и Столыпин видел будущее аграрной сферы всё же не в крупных помещичьих хозяйствах, а в крепком крестьянском хозяйстве, которое будет пользоваться широкой государственной поддержкой.
Но учитывая плохие, сильно переувлажнённые почвы Ковенской губернии, Столыпин считал, что доминирующим в сельском хозяйстве региона должно стать не земледелие, а животноводство, что впоследствии и произошло.
При этом Столыпин в своей новаторской деятельности в области сельского хозяйства не ограничивался только развитием собственного имения. Он стремился, чтобы все остальные хозяйства уезда (а потом и губернии)