Несмотря на оппозиционность взглядов Гримма, Министерство народного просвещения ценило его как талантливого администратора и человека, способного вести диалог с представителями разных общественных лагерей. Поэтому в сентябре 1906 г. по предложению министра он вновь был назначен деканом юридического факультета, что, вероятно, побудило его в ноябре 1906 г. окончательно оставить работу в Военно-юридической академии. Ставка чиновников на Д.Д. Гримма выглядит не случайной. Это было непростое время в истории российских университетов, охваченных студенческими беспорядками и интеллектуальным брожением. Дипломатичность профессора, его стремление к мирному разрешению конфликтов исключительно в рамках правового поля могли оказаться полезными. Авторитет и влияние Д.Д. Гримма не вызывали сомнений даже у его оппонентов. 8 февраля 1907 г. он был избран членом Государственного совета от Академии наук и российских университетов[46]. С работой в этом органе будет неразрывно связана его жизнь в ближайшие несколько лет. Давид Давидович станет одним из лидеров так называемого «левого крыла» в Совете. Максим Максимович Ковалевский (1851–1916), также бывший депутатом, заслуженно характеризовал своего коллегу как «человека стойких убеждений» и «авторитетного юриста»[47].
1 января 1910 г. Д.Д. Гримм был произведен в действительные статские советники[48]. Вершиной его университетской карьеры стало избрание ректором Санкт-Петербургского университета 1 марта 1910 г. По иронии судьбы в сентябре того же года пост министра народного просвещения занял Лев Аристидович Кассо (1865–1914). Ровесник Гримма, тоже юрист, тоже воспитанник немецких правоведов и тоже преподававший в Дерите, он был его полной противоположностью. Новый министр повел жесткую и бескомпромиссную политику, направленную на полное подчинение университетов. С точки зрения Д.Д. Гримма, подобные меры лишь обостряли взаимоотношения власти и образованного общества. Поэтому Л. А. Кассо стал для него живым воплощением административного произвола, с приходом которого «наступила эра бессмысленного, преступного разрушения русских университетов»[49]. Конфликт между министром и ректором не заставил себя ждать.
В 1911 г. российские университеты поразила черная полоса. В начале января с подачи Кассо были подготовлены министерские циркуляры, ограничивавшие права студентов[50]. В профессорской корпорации власти увидели прямого вдохновителя их политических действий, невзирая не то, что политические позиции университетских советов можно было охарактеризовать как умеренные[51]. Отсюда вытекала мысль о необходимости полного контроля над университетами, заключавшегося в свертывании автономии. В действиях властей университеты усмотрели прямое нарушение академических свобод. В знак протеста против административного произвола 28 января 1911 г. ректор Московского университета Александр Аполлонович Мануйлов (1861–1929) подал в отставку. За ним последовали