Река Лена доставляет ежегодно в авандельту и на шельф 5640 т основных техногенных загрязнителей (медь, железо, цинк, алюминий, хром, ртуть, марганец, магний), Нефтепродукты, хлориды, сульфаты, фосфаты, нитраты, фенолы, цианиды и флотореагенты составляют в сумме еще 177366 т. В бухте Тикси расположен самый крупный в Якутии морской торговый порт; в этом районе располагается один из очагов загрязнения шельфа моря Лаптевых. Средняя концентрация нефтяных загрязнителей в бухте Тикси составляет более 0.1 мг/г, причем в заливе Булункан концентрация нередко превышала 1.0 мг/г. Другой ощутимый источник загрязнения морских экосистем и донных осадков шельфа – вынос речных вод р. Лены. В воде устьевого участка протоки Быковская концентрация нефтяных углеводородов в течение года изменяется незначительно: в среднем от 0.02–0.04 мг/л в период зимней межени до 0,05–0.08 мг/л в летнюю межень. Наиболее высоким содержание нефтепродуктов было в годы интенсивного судоходства: в 1978 г. (1.30 мг/л – 26 ПДК) и 1979 г. (1.35 мг/л – 27 ПДК). В 1979 и в 2005 гг. было зарегистрировано и высокое придонное загрязнение (4 ПДК). В последующие годы наблюдений уровень загрязнений существенно снизился в связи с сокращением горно-промышленных разработок в Северной Якутии и уменьшением судоходства. Отмечено повышенное загрязнение снежного покрова и льда нефтепродуктами в зимнее время. Последующее таяние льда и снега приводит к загрязнению водной среды и донных осадков. Содержание растворенного в воде кислорода показывает, что в течение года эти величины близки к природным. Это подтверждает и состояние микроорганизмов в воде. Среднегодовая численность углеводородокисляющих бактерий в устье Лены изменяется от 1.5 до 0.32 млн кл/л. Сапрофитные бактерии меняют свою численность в течение года в среднем от 150 кл/л в апреле до 0.4 млн кл/л в январе. Максимальных значений сапрофиты достигают в летнее время, в период увеличения стока речных вод, богатых органическими веществами (Гуков,2001).
В заливе Неелова, куда поступают воды Быковской протоки дельты, среднее количество микроорганизмов за весь период наблюдения составило 6,9×106 кл/л, сапрофитных бактерий – 3,0×106 кл/л.). В заливе Булункан было обнаружено 80 видов водорослей, из них диатомовых 57 видов, зеленых 6, синезеленых 7, жгутиковых 6. Максимум значений общей численности составляет 778 тыс. кл/л, общей биомассы – 9.74 мг/л. температуры воды и повышением прозрачности. Виды-индикаторы указывают чаще всего на мезосапробные воды, т. е. загрязненные. Видовой состав зоопланктона характеризуется преобладанием организмов солоноватоводной и пресноводной фауны (до 70 % видов – речные). Средняя численность зоопланктона составляла 923 экз/куб. м, биомасса – 135.1 мг/куб. м (в зимний период). Летом средняя численность составляла 932 экз/куб. м, биомасса- 290 мг/куб.м. Устойчивость водных биоценозов мелководий к возмущающему воздействию антропогенных факторов весьма низкая, что определяется экстремальностью и резкими флуктуациями водной среды [5]. Концентрации загрязняющих веществ имеют тенденцию к снижению по мере удаления от устьев проток дельты р. Лены в сторону моря и с возрастанием глубины моря. В отдельные периоды залповые поступления с речным стоком в устье р. Лены загрязняющих веществ, в том числе, сульфидов и хлоридов, приводят к колебаниям численности и биомассы зоопланктона и эпифауны (мобильной части бентоса). Исследования состояния вод