О дате и месте рождения, детстве, юности и отрочестве Нифонта сведений нет.
В соответствии с русскими летописными источниками известны следующие биографические сведения о жизни епископа Нифонта.
Согласно Новгородской первой летописи в 1130 году Нифонт ставится епископом Новгорода и приезжает в Новгород 1 января: «Въ лѣто 6638… Въ се же лѣто отвьржеся архепископъ Iоаннъ Новагорода, и поставиша архепископа Нифонта, мужа свято и зѣло боящася Бога; и приде Новугороду мѣсяца генъваря въ 1 день»103. Эти сведения подтверждают Новгородская вторая, Новгородская третья, Новгородская четвёртая, Никоновская и Тверская летописи.
Новгородская третья летопись указывает, что Нифонт для поставления в епископы Новгорода «взятъ изъ Печерскаго монастыря изъ Кiева»104.
В 1131 году епископ Нифонт ставит игуменом Антона согласно Новгородской первой и Новгородской второй летописям.
Согласно Новгородской первой летописи в 1135 году в присутствии епископа Нифонта начинает строиться новый каменный храм в Новгороде; также в 1135 году Нифонт прекратил вражду между киевлянами и черниговцами: «Въ лѣто 6643… Въ то же лѣто заложи церковь камяну святые Богородиця на търговищи Всеволодъ, Новѣгородѣ, съ архепископъмъ Нифонтомъ… Въ то же лѣто, на зиму, иде въ Русь архепископъ Нифонтъ, съ лучьшими мужи, и заста Кыяны съ Церниговьцы стояце противу собе, и множьство вои; и божiею волею съмиришася»105. Эти сведения подтверждают Новгородская вторая, Новгородская четвёртая и Тверская летописи.
Согласно Новгородской первой летописи в 1136 году Нифонт отказался венчать приехавшего из Чернигова князя Святослава Ольговича. Эти сведения подтверждает Софийская первая летопись.
Согласно Никоновской летописи за 1141 год Нифонт с епископами согласились на княжение в Новгороде Ростислава Юрьевича.
Согласно Новгородской первой летописи в 1144 году Нифонт украсил иконным писанием соборный храм Святой Софии весь, даже до притворов: «Въ лѣто 6652… Въ то же лѣто испьсаша честно притворы вся въ святѣи Софiи, Новѣгородѣ, архiепископъ Нифонтъ»106. Эти сведения подтверждают Новгородская третья и Тверская летописи.
Новгородская третья описывает Нифонта, как активного церковного деятеля в строительстве новых храмов: «Въ лѣто 6654. Сотвориша въ Великомъ Новѣгородѣ, при епископѣ Нифонтѣ, 4 церкви древяныхъ: святыхъ благовѣрныхъ князей Бориса и Глѣба въ Околоткѣ, въ Каменномъ городѣ, Козма и Дамiанъ на Холопьи улицы, святаго пророка Илiи и святыхъ апостолъ Петра и Павла на Холмѣ»107.
Летопись по Воскресенскому списку за 1147 год имеет запись, что князь Киевский Изяслав поставил митрополитом Клима Смолятича