Свои должности вынуждены были покинуть президенты Караджич (1996 г.) и Никола Поплашен (1999 г.), под давлением П. Эшдауна ушел в отставку президент Мирко Шарович (2003 г.). Около 200 республиканских военных, полицейских, партийных функционеров, директоров государственных компаний были сняты с работы, их счета подверглись заморозке, им запретили выезд из БиГ.
Изначальная политическая система РС, созданная на основе СДП и тесно связанная с Сербией была разрушена к середине первого десятилетия ХХI в. Финансовые каналы, инфраструктура СМИ были полностью изменены, а сам центр республики переместился в Баня Луку, т. е. в совершенно другую социально-политическую среду по сравнению с Сараево и Пале. Фактически два поколения руководства СДП как республиканского, так и локального уровней подверглись политической маргинализации и были вытеснены из политической жизни.
П. Эшдауну удалось окончательно сломить сопротивление СДП весной 2003 г., после захвата силами ЕУФОР 410 разведотдела армии РС. Руководство РС обвинили в контрабанде оружия в Ирак, президент РС М. Шарович подал в отставку. Его сменил Борислав Паравац (СДП). Деморализованные лидеры СДП и ее депутаты более не рисковали противоречить агрессивному ВП Эшдауну и покорно исполняли его указания. Парламент РС и сербские депутаты в Скупщине БиГ поддержали в 2003 г. пакет законов о военной реформе, упразднивший армии автономий и создавший центральное министерство обороны и общебоснийскую армию (с 2005 г.). Важным успехом Эшдауна стало официальное признание властями РС своей ответственности за массовые убийства в Сребренице в 2004 г. В 2005 г. Эшдаун инициировал новый пакет реформ, главной из которых должна была стать реформа полиции – создание общебоснийского МВД с ликвидацией МВД автономий и передачей их полномочий в центр. Речь шла о завершении демонтажа автономий и формировании централизованного боснийского государства, в котором и РС и ФБиГ превращались в практически безвластные структуры.
Стремясь избежать ответственности за финальный демонтаж республики, лидеры СДП в начале 2006 г. предложили сформировать правительство главе СНСД Додику, имевшему прочную репутацию прозападного политика.
Второй приход Додика к власти ознаменовал начало нового этапа боснийской политики. Неожиданно для всех новый