В ХV-ХVI веках жители Переславля Залесского занимаются ремеслом и торговлей. Через город проходила Переславская великая дорога. По ней государевы люди ямщики доставляли почту и пассажиров. По этой дороге в Переславль приезжали московские князья и первые цари, Василий III (1505—1533) и его сын Иван Грозный (1533—1584). В 2022 году исполнилось 475 лет его коронации и причисления князя Александра Невского к лику русских святых.
В 1508 году при великом князе московском Василии III в Переславле основан Троицкий Данилов монастырь. Одноглавый Троицкий собор – старейшее из монастырских зданий – построен в 30-е годы ХVI века на вклад князя Василия III после рождения сына, будущего царя Ивана Грозного. Первая супруга Ивана Грозного царица Анастасия Романовна родила царевича Федора, будущего царя Федора Иоанновича, в селе близ Переславля Залесского. Сейчас на этом месте стоит каменная часовня. При царе Иване Грозном в местечке Гаврилов Посад близ городов Переславль Залесский и Юрьев-Польский заложен конный завод. Верховые кони «железной» владимирской рати издавна славились на Руси. Александр Невский ездил на этих лошадях.
В начале ХVII века к Переславлю подошло польское войско во главе с гетманом Яном Сапегой. Они истребили половину населения Переславля, грабили, жгли монастыри. Так, в пожаре, погиб и не был восстановлен Борисоглебский монастырь, основанный Александром Невским на Александровой горе. Польское войско осадило древнейший монастырь Переславля Залесского. Это Никитский монастырь на северной окраине города, известный с XII века. Он посвящен Святому Никите Великомученику, жившему в IV веке. Во второй половине века XII сборщик княжеской дани раскаялся в грехах и подстригся в этом монастыре с именем Никита. Позднее он, Святой Никита-Столпник Переславский прославил Никитский монастырь даром исцеления. При Иване Грозном территория монастыря обнесена каменными стенами с бойницами и башнями. Этот памятник русского оборонного зодчества XVI века пострадал при осаде Никитского монастыря войсками Яна Сапеги в начале XVII века. Сейчас это действующий мужской монастырь.
После воцарения Михаила Романова древний русский город Переславль Залесский отстроен на деньги из царской казны и средства богатых горожан.
В 1688 году в Переславль Залесский прибыл молодой царь Петр I (1682—1725), внук царя Михаила Федоровича. Здесь, на Плещеевом озере, начато строительство первых кораблей русского военного флота, «потешной флотилии» молодого Петра. В те времена Плещеево озеро было больше примерно на треть, чем сейчас, и доходило почти до подножия холма Гремяч, на вершине которого для царя построена усадьба. Название «Гремяч» происходит из местной легенды: молния ударила в подножие