Николай понял, что военная служба – не для него. Вопреки воле родителей в 1884 году поступил на естественный факультет Киевского университета св. Владимира, через год перешел на юридический. Однако университет не закончил. Юный аристократ увлекся марксизмом, вступил в киевский кружок «Союза борьбы за освобождение рабочего класса», переправлял нелегальную литературу через границу. Однажды в дом к нему нагрянули жандармы. Делая обыск, «ходили на цыпочках», чтобы не тревожить отца, который был на «ты» с губернатором. Знакомство родителей с сильными мира сего не спасло сына от ареста, отсидки в тюрьме, а затем высылки под надзор полиции в Вологду, где он и пробыл до 1904 года.
В среде ссыльных влияние марксизма было доминирующим. В дискуссионном «клубе» блистали будущие нарком А. Луначарский, эсер-террорист Б. Савинков… Однако именно там начался отход молодого мыслителя от ортодоксального марксизма. Вырвавшись из ссылки, Бердяев в течение нескольких лет наряду с «легальными марксистами» – П. Струве, М. Туган-Барановским и другими пытался переосмыслить теоретические принципы революционного учения: материализм, диалектику и в особенности материалистическое понимание истории. Но уже в 1906 году Бердяев писал: «Идеализм был хорош для первоначальной критики марксизма и позитивизма, но в нем нет ничего творческого, остановиться на нем нельзя, это было бы нереально и не религиозно». Он становится активным пропагандистом идеологии «нового религиозного сознания», одним из важных постулатов которого стала необходимость духовной реформы православной церкви и христианской религии, ибо они должны соответствовать новой исторической эпохе и новой культуре. Эти идеи отражены в его книгах «Новое религиозное сознание и общественность», «Духовный кризис интеллигенции» и в ряде статей. Он участвует в сборнике «Вехи», вызвавшем бурные дискуссии в среде демократической интеллигенции, резкую критику со стороны «правильных» марксистов. Ленин оценил «Вехи» как «энциклопедию буржуазного ренегатства».
Бердяев становится одним из организаторов и активных авторов философских журналов «Новый путь» и «Вопросы жизни». Он непременный участник всех известных петербургских философских собраний. Примыкает к кругу интеллектуалов, объединившихся в философском салоне писателя С. Мережковского, одного из лидеров российского декаданса, автора ряда исторических романов, проникнутых религиозно-мистическим духом. Он желанный гость на так называемых «средах» одного из самых ярких поэтов Серебряного века Вяч. Иванова, собиравшего в своей «башне» интеллектуальную элиту Петербурга. «В. И. Иванов не только поэт, но и ученый, мыслитель, мистически настроенный, человек очень широких и разнообразных интересов… Всегда было желание у В. Иванова превратить общение людей в Платоновский симпозиум, всегда призывал он Эрос», – вспоминал об этих собраниях Бердяев. Еще одним центром притяжения были «воскресенья» у писателя, публициста, философа, автора парадоксальных эссе, которыми была очень недовольна православная церковь, В. Розанов. Хозяин «воскресений» был противником христианского аскетизма, порой своеобразно трактовал проблемы семьи и пола. И на этих собраниях Бердяев всегда был желанным гостем.
В 1908 году он переезжает в Москву. Здесь он общается с выдающимися философами Е. Трубецким, П. Флоренским и др. Вместе с ними создает религиозно-философское общество памяти Владимира Соловьева. В Москве для Бердяева наступает «время собирать камни». Он систематизирует свои взгляды в книгах «Философия свободы», «Смысл творчества».
В «Философии свободы» писал: «Всякое существо сбрасывает с себя пыль рационалистической рефлексии, касается бытия, непосредственно стоит перед его глубиной,