Не сохранилось никаких сведений относительно того, побывал ли Юрий Долгорукий в основанном им городе еще хоть раз. Известно, что умер князь 15 мая 1157 года в Киеве.
Первые несколько десятилетий Москва оставалась ничем не примечательным населенным пунктом, и лишь в первой половине XIII века положение города изменилось. Александр Невский основал в нем княжескую династию, передав город во владение своему сыну Даниилу. С того времени Москва начала расширяться и укрепляться. Не был забыт и основатель города Юрий Долгорукий. Со времен Даниила Александровича московские князья обязательно нарекали своих старших сыновей Юриями. Еще позже Иван III сделал защитником города Георгия Победоносца – покровителя Юрия Долгорукого. С тех пор Георгий Победоносец стал украшать герб Москвы.
В 1319 году сын князя Даниила Юрий переехал на княжение в Новгород, передав Москву брату Ивану Данииловичу Калите. Именно этому расчетливому, хозяйственному, набожному и разумному человеку город обязан своим расцветом. Москва становится городом всероссийского значения, подобно Владимиру и Киеву.
В 1326 году в Москву из Владимира была перемещена резиденция митрополита Русской православной церкви.
Однако далее город ждали нелегкие времена. В 1238 году Москва была разорена ханом Батыем, в 1365 – практически полностью уничтожена Всесвятским пожаром. В 1382 году город был взят и разгромлен ханом Тохтамышем. Однако каждый раз Москва возрождалась, отстраивалась, становясь богаче и краше.
В период правления князя Ивана III Московское государство обрело независимость, а Москва стала его столицей. После того как Иван III женился на племяннице последнего императора Константинополя Софье Палеолог, символом России стал двуглавый орел, изображение которого появилось и на княжеских печатях.
В XV веке Москва уже являлась крупным культурным центром. В одном из монастырей города жил и работал Андрей Рублев. В 1547 году в Москве состоялось венчание на царство первого русского царя Ивана IV Грозного.
Начало царской династии Романовых, представители которой правили Россией в течение 300 лет, также было положено в Москве, на Земском соборе в 1614 году. Именно тогда был венчан на царство шестнадцатилетний Федор Михайлович Романов.
Очевидцы отмечали, что уже в XVII веке панорама Москвы была очень живописной. Сердцем города являлся Кремль, который был виден практически с любой точки Москвы. К нему сходились радиальные улицы Замоскворечья. Монастыри располагались тремя полукольцами, первое из которых составляли Ивановский, Златоустовский, Георгиевский, Никитский, Крестовоздвиженский и Алексеевский; второе (оно повторяло нынешнее Бульварное кольцо) – Сретенский, Рождественский, Высоко-Петровский и Страстной; третье (оно находилось за чертой города) – Донской, Данилов, Андронников, Симонов, Ново-Спасский и Новодевичий.
Во времена правления Петра I Москва лишилась статуса столицы, уступив его Санкт-Петербургу, но в то же время осталась духовным и культурным центром государства.
В начале XVIII века в Москве произошел сильный пожар. Приказом Петра I на выгоревшей территории между Собакиной и Троицкой башнями приступили к строительству Арсенала, которое было закончено уже в правление Анны Иоанновны. Перед Арсеналом установили «Царь-пушку» – ее отлил еще в 1586 году мастер Андрей Чохов. Чугунный лафет для этого самого орудия, являющегося самым большим по калибру в мире, был отлит в 1735 году.
Указом Анны Иоанновны в 1733–1735 годах мастерами Маториными был отлит «Царь-колокол».
Императрица Елизавета Петровна, дочь Петра I, озаботилась состоянием дряхлеющего Кремля. В 1743 году она отдала приказ архитектору Растрелли о строительстве около Благовещенского собора каменного Кремля для хранения предметов, подлежащих дальнейшей реставрации. Дворец был построен и простоял вплоть до вторжения французов в 1812 году, когда был взорван оккупантами. Также благодаря императрице Елизавете 12 января 1755 года в Москве были открыты 2 гимназии и университет.
При российской императрице Екатерине II были срыты крепостные сооружения Белого города, на месте которых по высочайшему повелению разбили бульвары, а также разрушен Земляной город, где построили круговую улицу Садовую. Кроме того, правление Екатерины II ознаменовалось прокладкой водопровода из Мытищ, благодаря которому москвичи получали чистую воду вплоть до конца XIX века. Примерно в то же время был вырыт обводной канал на Москве-реке и заключена в подземную трубу река Неглинная. Тогда же были упразднены многочисленные кладбища, находившиеся в черте города, и организовано несколько больших некрополей за его пределами.
В 1812 году армия Наполеона захватила Москву. Однако вскоре в городе заполыхал пожар, уничтоживший большую его часть. До сих пор доподлинно неизвестно, что стало причиной пожара. Существует версия, согласно которой город подожгли сами москвичи, не желая, чтобы он достался врагу.
После отступления Наполеона Москву пришлось отстраивать практически заново. К счастью, уцелели соборы, находившиеся на территории Кремля,