В ночь на 12 июня части Великой армии, переправившись через реку Неман, вторглись на российскую территорию. Вечером этого дня Александру I, находившемуся на балу в Вильне (ныне столица Литвы Вильнюс), где располагался штаб армии Барклая-де-Толли, доложили о начале войны. На следующий день российский император издал манифест (обращение к народу), который заканчивался словами: «Я не положу оружия, доколе ни единого неприятельского воина не останется в царстве моём».
В первые же дни наступления французских войск армии Барклая и Багратиона оказались отрезаны друг от друга. Барклаю едва удалось избежать окружения и разгрома отдельных частей его армии. Спешно собрав все свои войска, он через два дня после начала войны оставил Вильну и отступил к Дрисскому укреплённому лагерю. Но было уже очевидно, что первоначальный план военных действий провалился.
Огромное численное превосходство французов, невозможность соединения с армией Багратиона – всё это превращало Дрисский лагерь в ловушку, где армия Барклая могла быть окружена и уничтожена. Барклаю-де-Толли удалось убедить Александра I в необходимости отступления, и 1-я русская армия отошла от Дрисского лагеря к Полоцку, намереваясь отступать дальше до Витебска и там соединиться с армией Багратиона. Отдельный корпус под командованием П. Х. Витгенштейна Барклай оставил, чтобы преградить врагу путь на Петербург.
И без того тяжёлое положение российской армии осложнялось ещё и соперничеством среди командования и фактическим отсутствием единоначалия. Александр I не назначил главнокомандующего всеми русскими армиями, но и не принял командования на себя. Уже в Полоцке, убедившись, что его присутствие только мешает генералам и затрудняет принятие решений, император покинул расположение армии.
По правилам верховное командование в такой ситуации принадлежало Барклаю, так как он был военным министром. Но у него были крайне напряжённые отношения с Багратионом, который получил генеральский чин раньше Барклая, а это считалось важным для определения старшинства. Кроме того, в противоположность Барклаю Багратион был настроен решительно, настаивая на немедленном сражении с французами. Однако в сложившихся обстоятельствах ему пришлось выполнять приказ об отступлении.
Тем временем французская армия заняла Литву и часть Западной Белоруссии. 16 июня Наполеон торжественно въехал в Вильну. Французского императора восторженно приветствовало польское население города, ждавшее от французов восстановления независимости своего государства.
Наполеон провёл в Вильне две недели, отдавая распоряжения об обустройстве оккупированных территорий. Здесь он принял парламентёра от Александра I, предлагавшего начать мирные переговоры при условии, что французские войска