Свою монашескую службу Митрофан начал в Золотниковской обители близ Суздаля. Потом были другие монастыри, и везде отличался своей строгой подвижнической жизнью. Так что неудивительно, что очень скоро он был назначен настоятелем Макарьевского Унженского монастыря, существовавшего в то время под высоким покровительством царского дома, и 25 июня 1682 года участвовал в венчании на царство Петра Алексеевича и Иоанна Алексеевича Романовых.
В том же году Московский патриархат решил организовать новую епархию, Воронежскую, выделив её из Рязанской. В епархии не было крупных населённых пунктов. В неё вошли такие небольшие города, как Елец, Костенск, Коротояк, Землянск, Урыв, Орлов. Да и самому Воронежу не исполнилось ещё и ста лет со дня основания.
Епископом в Воронеж был назначен Митрофан. Нельзя сказать, что это назначение было почётным. Наоборот, принципиального, решительного и деятельного епископа направили в Воронежскую епархию выправлять положение. Воронежская губерния тогда считалась неблагополучным краем. Туда ссылали неблагонадежных людей разных сословий, там оседали беглые люди, имевшие нелады с властями и хозяевами. В губернии собралось много раскольников, образовавшихся в результате никоновских реформ. А местное духовенство явно не справлялось со своими обязанностями. Оно встретило епископа настороженно. До него руководители Рязанской епархии не жаловали своими визитами далёкие окраины епархии, эффективного контроля за действиями местных церковных деятелей не было.
Митрофан не побоялся трудностей и с большой энергией взялся за устройство епархии. Хотя условия для работы его лично и епархиального штата были далеки от нормальных: не было архиерейского дома, негде было разместить штат епархии, не было кафедрального храма. Всё это предстояло как можно быстрее построить. И в скором времени положение в епархии заметно улучшилось. Построено было около сорока новых церквей, два монастыря. На месте, где сто лет назад возникли первые строения Воронежской крепости, а ныне стоит главный корпус университета, стал строиться каменный храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы (об этом храме будет разговор впереди).
Епископ Митрофан оказал большую поддержку царю Петру, основавшему в Воронеже верфь для строительства кораблей первого в истории Российского государства регулярного военного флота и потому часто приезжавшему в Воронеж. Епископ в своих проповедях доказывал пастве, что необходимо иметь в России мощный военно-морской флот, что такая огромная страна должна иметь надёжные выходы на морские просторы. Кроме моральной поддержки, епископ помогал царю и материально. А.С. Пушкин в своей «Истории Петра» записал: «Св. Митрофан 4000 руб. экономии отдал на жалование морских солдат, в Воронеже бывших (1700 г.), а в следующий год дал ещё 3000. Царь пожаловал ему две грамоты. Впоследствии повелел к его дому приписать многие крестьянские дворы».
Епископ лично проводил освящение построенных кораблей. Рядом с корабельной верфью издавна стояла Успенская церковь. За участие в кораблестроительных делах её с тех пор называют Адмиралтейской. Сначала она была деревянной и входила в состав Успенского монастыря. Монастырь рядом с корабельной верфью служил помехой для постройки судов, и царь объединил его с Алексеевским Акатовым монастырём, перенеся туда все монастырские постройки, кроме Успенской церкви. А церковь повелел поставить на этом месте каменную.
Однако нет уверенности в том, что епископ Митрофан успел начать проводить службы в Успенской церкви после её замены на каменную. Среди краеведов и церковных историков давно идут диспуты о времени перестройки Успенской церкви. Мы не будем включаться в эти споры. Но, тем не менее, не можем отказать себе в удовольствии показать лишний раз читателям эту, пожалуй, самую красивую и самую древнюю воронежскую церковь. Совсем недавно, уже в наши дни, после длительного процесса восстановления и реставрации она стала использоваться по своему прямому назначению.
Успенская Адмиралтейская церковь.
Царь Пётр высоко ценил Митрофана за радение к государственным делам, за заботу о своей пастве. Сам непритязательный к роскоши и изысканной пище, он уважал и епископа за такое же поведение. И хотя Пётр был нрава крутого и не любил непослушания, он уважал у своих подданных принципиальность и твердость в отстаивании своих позиций. В качестве примера историками часто приводится случай с несостоявшимся визитом епископа к царю домой. Приглашённый к Петру для решения каких-то дел епископ подошёл к царскому дворцу и увидел там античные статуи на постаментах. Побывавший в Европе русский царь много видел древних скульптурных украшений в парках и усадьбах и себе перенял эти обычаи. Но в православной России ещё не привыкли к таким, как их называли, языческим идолам. Митрофан отказался заходить во дворец к царю и вернулся домой. Узнав