В соответствии с п. 1. ст. 402 ТК РФ структуру таможенных органов составляют:
1) федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела;
2) региональные таможенные управления;
3) таможни;
4) таможенные посты.
Пункт 4 ст. 402 ТК РФ указывает, что в состав структуры таможенных органов также входят не являющиеся правоохранительными органами учреждения, которые находятся в ведении федерального органа исполнительной власти, уполномоченного в области таможенного дела, не осуществляющие непосредственно таможенные функции, предназначенные для обеспечения деятельности таможенных органов.
Общее руководство таможенным делом в РФ осуществляет Правительство РФ.
На федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела, возложена ответственность за реализацию таможенного дела, обеспечение соблюдения законодательства о таможенном деле, эффективное функционирование системы таможенных органов РФ в целом. Этот орган осуществляет функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в области таможенного дела, обеспечивает непосредственную реализацию в таможенных целях задач в области таможенного дела, а также единообразное применение таможенного законодательства всеми таможенными органами на территории РФ (п. 3 ст. 1 ТК РФ).
Федеральный орган исполнительной власти в области таможенного дела включает такие подразделения, как отделы таможенного оформления и контроля, специализированные таможенные подразделения, специализированные акцизные таможенные посты и специализированные таможни, подразделения капитального строительства и эксплуатации объектов таможенной инфраструктуры, отделы нетарифного и экспортного контроля, отделы контроля за доставкой товаров, отделы валютного контроля, отделы таможенных режимов, отделы дознания, оперативные отделы, отделы по борьбе с таможенными правонарушениями, транспортная инспекция, медицинское, кадров, организации силового обеспечения, собственной безопасности и др.
Региональные органы исполнительной власти в области таможенного дела (региональные таможенные управления) являются юридическими лицами, создаются по территориальному принципу, т. е. осуществляют свою деятельность на территории подведомственного региона. Пределы региона деятельности региональных органов исполнительной власти совпадают с границами округа. Они подчиняются непосредственно вышестоящему по отношению к ним федеральному органу исполнительной власти в области таможенного дела и являются вышестоящими для находящихся в их ведении более мелких подразделений таможенной службы, расположенных на вверенной им территории конкретного региона (краевые, областные), через которые они решают возложенные на них задачи во взаимодействии с территориальными органами местного самоуправления, физическими и юридическими лицами других федеральных органов исполнительной власти субъектов РФ.
В соответствии с п. 3 ст. 402 ТК РФ региональные таможенные органы, таможни и таможенные посты действуют на основании общих или индивидуальных положений, утверждаемых федеральным органом исполнительной власти в области таможенного дела.
Таможня подведомствена региональному органу исполнительной власти того региона, на территории которого она создается. Участник ВЭД оформляет товар и все необходимые таможенные формальности в той таможне, на территории которой зарегистрирован его юридический адрес.
Центры таможенного оформления осуществляют все необходимые операции, связанные с осуществлением таможенного оформления, надлежащим образом.
Специализированные таможни выполняют наиболее сложные виды деятельности, регулируют перевоз через границу специфических грузов. Примером специализированных таможен является энергетическая таможня, осуществляющая оформление и контроль за перемещением каких бы то ни было энергоносителей через таможенную границу; акцизная таможня осуществляет оформление и контроль подакцизных товаров.
Таможенный пост согласно п. 1 общего положения о таможенном посте (утв. приказом Федеральной таможенной службы (ФТС) от 13 августа 2007 г. № 965 «Об утверждении Общего положения о таможенном посте») является таможенным органом, входящим в единую федеральную централизованную систему таможенных органов РФ и обеспечивающим реализацию полномочий ФТС России, задач и функций таможенных органов в регионе деятельности таможенного поста в пределах компетенции, определенной ТК РФ и положением о таможенном посте.
Таможенные посты, как правило, не являются юридическими лицами, но в отдельных случаях могут быть таковыми. Таможенные посты подразделяются на:
1) пограничные