Реакция ОКМ последовала незамедлительно. Уже 4 сентября подводным лодкам было передано распоряжение: «Приказ фюрера: не предпринимать никаких действий против пассажирских судов, даже если такое судно идет в составе конвоя». Считается, что данный приказ явился самым важным последствием потопления «Атении», отразившимся на действиях германского подводного флота на протяжении всего первого этапа войны. Фридрих Руге («Война на море 1939–1945») оценивает этот приказ крайне негативно, поскольку он «лишил немецкий ВМФ больших и легко достижимых успехов, ибо англичанам потребовалось длительное время, чтобы наладить оборону». Гаральд Буш («Такой была подводная война») также считает, что этот и последующие «запретительные» приказы «связывали действия подводников, если учесть, что в это время британская экспедиционная армия переправлялась во Францию через Ла-Манш, где немецкие подводные лодки могли тогда достаточно свободно действовать».
Наряду с приказом, отданным командирам подлодок, 7 сентября ОКМ выступило с официальным коммюнике из четырех пунктов:
1. Немецкий флот в целом, каждое его подразделение и каждый отдельный корабль придерживаются правил ведения войны на море.
2. В районе гибели «Атении» не было ни одного германского корабля.
3. Попытки связать гибель «Атении» с действиями германского флота беспочвенны.
4. Попытки дальнейших инсинуаций по поводу и германских подводных сил вопреки официальному опровержению Германии следует рассматривать исключительно как пропагандистский акт.
Это насквозь лживое коммюнике вряд ли могло добавить что-то новое к оценке произошедшего и само выглядело тем самым «пропагандистским актом», к тому же весьма неуклюжим.
Министерство иностранных дел Германии было особенно обеспокоено американской реакцией на потопление пассажирского судна, повлекшее смерть американских граждан. Статс-секретарь МИДа Вайцзеккер 5 сентября пригласил временного поверенного в делах США Александра Кирка и заявил ему, что немецкие подводные лодки к этому не причастны, и что ни один немецкий корабль не находился вблизи от района гибели лайнера. В тот же день Вайцзеккер встретился с Редером, напомнил ему о случае с «Лузитанией» и посоветовал сделать все, дабы не спровоцировать США. По настоянию Риббентропа, 16 сентября Редер пригласил к себе американского военно-морского атташе и заявил, что к настоящему моменту получены донесения