Bereits am Ende von Ciceros Konsulat zeigten sich daher erste Anzeichen der Unzufriedenheit über das harte Vorgehen gegen die Verschwörer. Am 10. Dezember, knapp drei Wochen vor den neuen Magistraten, traten bereits die zehn neuen Volkstribunen ihr Amt an, unter denen L. Calpurnius Bestia und Q. Caecilius Metellus Nepos Cicero vorwarfen, er habe ohne Mitwirkung der Volksversammlung römische Bürger hinrichten lassen.
Als Cicero an seinem letzten Amtstag, dem 29. Dezember, vor der Volksversammlung auf die Rostra, die mit den Schiffsschnäbeln erbeuteter Schiffe geschmückte Rednertribüne im Forum trat, um die Abschlussrede über sein Konsulat zu halten und noch einmal seine eigenen Leistungen zu würdigen, verboten dies die beiden Volkstribunen, die bereits gegen ihn aufgetreten waren, durch ihr Veto. Cicero durfte nur den Eid, dass er sich an das Gesetz gehalten habe, schwören. Diesen änderte er allerdings dahingehend ab, dass er verkündete, er allein habe Staat und Stadt gerettet. Die anwesende Volksversammlung stimmte dem zu. In einer der ersten Senatssitzungen des Jahres 62 erklärte der Senat dann jede Person zum Staatsfeind, die es unternehme, die Verantwortlichen für die Hinrichtung der Verschwörer zur Rechenschaft zu ziehen.
Nicht lange danach verteidigte Cicero zusammen mit Hortensius erfolgreich den als Mitverschwörer angeklagten P. Cornelius Sulla. Cicero behauptete fest dessen Unschuld und pochte auf seine besondere Glaubwürdigkeit, da er ja die Verschwörung am heftigsten bekämpft habe. Darauf warf man ihm vor: Wer Catilinarier sei bestimme Cicero. Dann ging auch noch das Gerücht um, dass er von Sulla vor Abschluss des Prozesses einen Kredit in Höhe von 2 Millionen Sesterzen erhalten habe, um sich eine feine Villa, nämlich das Elternhaus des M. Crassus, auf dem Palatin zu kaufen, um als ehemaliger Konsul endlich standesgemäß zu wohnen. Cicero bestritt rundweg jede Kaufabsicht, kaufte das Haus dann aber doch und behauptete, das Eingeständnis der Kaufabsicht hätte nur den Preis erhöht, und deswegen habe er seine Kaufabsicht abgestritten.
Während dieses Verhalten selbst bei seinen Anhängern negativ aufgenommen wurde, schuf sich Cicero einen einzelnen bedeutenden Feind bei einem Ereignis des Jahres 62: Caesars Günstling P. Clodius Pulcher schlich sich, als Frau verkleidet, in das Haus des Prätors Caesar, dessen Frau Pompeia mit anderen Frauen eine Kultfeier zu Ehren der Bona Dea abhielt, wobei Männer nicht zugelassen waren. Clodius wurde entdeckt und vor Gericht wegen Religionsfrevels angeklagt. Sein Alibi, zu diesem Zeitpunkt nicht in Rom, sondern in Interamna (im westlichen Umbrien) gewesen zu sein, platzte durch Ciceros Aussage, dass er am selben Tag in Rom mit Clodius gesprochen habe. Dennoch wurde Clodius durch Einflussnahme Caesars und Crassus’ freigesprochen. Clodius nahm Cicero die Zeugenaussage sehr übel. Cicero demütigte ihn noch dazu in einer Senatssitzung am 15. Mai, wie er Atticus in einem Brief selbst berichtet, indem er in einer Rede sagte: »Du irrst dich Clodius, die Richter haben dich nicht für die Stadt, sondern für das Gefängnis aufbewahrt, sie wollten dich nicht für die Bürgerschaft erhalten, sondern sie haben dir das Exil verwehrt.« Clodius’ Verteidiger C. Curio verfasste eine Rede gegen Cicero, umgekehrt dieser eine gegen Curio. Clodius’ Bewerbung zum Volkstribunen für das Jahr 59 konnte Cicero verhindern, da jener aus einer patrizischen Familie stammte.
Den Pompeius verärgerte Cicero zunächst nach dessen Rückkehr aus Asien. Der Senat verweigerte Pompeius, der siegreich heimgekehrt war und seine Soldaten bereits in Brundisium entlassen hatte, statt sie wie Feldherren vor ihm, bis vor die Mauern Roms zu führen, die Anerkennung seiner Neuordnung Vorderasiens und die Versorgung seiner Veteranen mit Ackerland, und Cicero hielt sich dabei aus der Sache heraus, statt zu Pompeius’ Gunsten zu sprechen. Es war diese Kurzsichtigkeit des Senates, die Pompeius politisch in Richtung des Popularen Caesar rücken ließ. Dann ärgerte ihn Cicero auch noch in seinem Epos, das er über das eigene Konsulat verfasste, mit dem Vers: cedant arma togae concedat laurea linguae (Die Waffen [des Feldherrn] mögen hinter der Toga [des Politikers] zurückstehen, der Lorbeer [nämlich des siegreichen Imperators] dem Wort [nämlich des Redners] weichen).
Noch im Jahre 61 wollte C. Iulius Caesar, der Ciceros Fähigkeiten durchaus schätzte, diesen für ein Triumvirat (dt.: Dreimännerbündnis) gewinnen. Cicero lehnte wegen verfassungsrechtlicher Bedenken ab. Das Triumvirat wurde im folgenden Jahr zwischen Caesar, Pompeius und Crassus, von welchen die beiden letzteren bis dahin einander eher feindlich gesinnt waren, geschlossen mit dem Ziel, dass im römischen Staat nichts geschehen dürfe, was einem der Triumvirn missfiele. Caesar wurde daraufhin zusammen mit M. Calpurnius Bibulus zum Konsul des Jahres 59 gewählt und zahlte nach Amtsantritt die Veteranen des Pompeius aus. Ab 58 war er Prokonsul in Gallien und Illyrien. Cicero hatte damit Caesars Werbung zurückgewiesen, und auch Pompeius wandte sich von ihm ab und versagte ihm künftig seine Hilfe. Cicero seinerseits war nicht bereit sich zur Durchsetzung seiner Ziele den einflussreichen Optimaten anzuschließen und sich in die Disziplin dieser Gruppe unterzuordnen, da er den Anspruch hatte, eine eigenständige Politik zu betreiben. Da er ja auch die Triumvirn verärgert hatte, manövrierte er sich selbst bis zum Jahre 59 in die völlige Isolation.
Als Caesar nach Gallien aufbrach, war ihm daran gelegen, zuvor seine beiden einflussreichsten Gegner in Rom auszuschalten. M. Porcius Cato wurde daher nach Zypern geschickt, um die Insel für das Imperium Romanum zu annektieren. Cicero, der keine der ihm von Caesar angebotenen Legatenstellen annehmen wollte, musste auf andere Weise politisch ruhiggestellt werden. Im Juli 59 kehrte Cicero nach einem längeren Aufenthalt auf seinen Landgütern nach Rom zurück. Während sich der Zustand der res publica immer mehr verschärfte, schien sich seine eigene Lage eher etwas beruhigt zu haben. Caesar und Pompeius versicherten ihm, nichts gegen ihn unternehmen zu wollen, und so widmete er sich vor allem seiner Anwaltstätigkeit.
Caesars Freund P. Clodius, bei der Durchsetzung seiner Interessen zu allen Mitteln bereit, war inzwischen mit Hilfe des Pontifex Maximus C. Iulius Caesar durch Adoption vom Patrizierstand zum Stand der Plebejer übergetreten und wurde zum Volkstribun für das Jahr 58 gewählt. Zunächst fürchtete Cicero nichts, da ihm die übrigen Volkstribunen wohlgesonnen waren und er auch die Konsuln und Prätoren des nächsten Jahres auf seiner Seite zu haben glaubte.
P. Clodius brachte schon am 3. Januar 58 vier Gesetze in die Volksversammlung ein, die Cicero, wie er später erklärte, ausdrücklich ablehnte, doch hielt er sich, um Clodius nicht unnötig zu reizen, nicht nur selbst zurück, sondern er veranlasste auch den Volkstribunen L. Ninnius Quadratus, sein Interzessionsrecht nicht gegen Clodius’ Maßnahmen geltend zu machen, was diesem als Kollegen durchaus möglich gewesen wäre. Aber Ciceros Hoffnungen, daraufhin selbst in Ruhe gelassen zu werden, durch wen auch immer sie veranlasst worden waren, wurden enttäuscht. Unter den verabschiedeten Gesetzesvorschlägen Clodius’ war eines, das die seit längerer Zeit verbotenen religiösen Vereine wieder erlauben sollte. Unter deren Deckmantel organisierte Clodius seine Schlägerbanden, mit denen er politische Gegner einschüchterte.
Bereits Ende Januar trat Clodius mit einem weiteren Gesetzesvorschlag auf, nach welchem, wer einen römischen Bürger ohne rechtmäßiges Gerichtsverfahren töte – wie es der Senat unter Ciceros Konsulat mit den Catilinariern getan hatte – geächtet werden solle. Das Gesetz sollte auch rückwirkend Geltung haben. Auf wen es gemünzt war, war offensichtlich, auch wenn der Name Ciceros darin nicht auftauchte. Cicero hatte jedoch bei der Verurteilung der Verschwörer im Dezember 63 keineswegs eigenmächtig gehandelt, sondern den Senat abstimmen lassen; darauf hätte er sich im Falle einer Anklage ohne weiteres zurückziehen und daher den Gang der Dinge in Ruhe abwarten können. Da jedoch Cicero wie so oft auch hier seine Person im Mittelpunkt des Geschehens sah, reagierte er heftig. Er legte seine senatorische Kleidung ab und ließ sich die Haare wachsen, womit er freilich in der Hoffnung, der Senat und das ganze Volk würden sich hinter ihn stellen, alle Aufmerksamkeit auf sich lenkte. Ritterschaft und Senat taten es ihm nach, um ihre Solidarität und die Abneigung gegen Clodius’ Banden zu bezeugen. Bei dieser kleinen Demonstration blieb es allerdings, und die Konsuln befahlen schon bald den Senatoren, wieder ihre Amtstracht anzulegen. Und nun verweigerten der eingeschüchterte Senat, die amtierenden Konsuln L. Calpurnius Piso Caesoninus und A. Gabinius sowie Pompeius, der sich, um persönliche Stellungnahme zur Sache zu vermeiden, auf sein Landgut begab,