«Энциклопедия» состоит из 3-х основных разделов: «Произведения», «Персонажи» и «Вокруг Достоевского».
Раздел I содержит без малого 150 статей. Сюда включены все художественные и публицистические произведения (кроме приписываемых Достоевскому), а также основные неосуществлённые замыслы (о которых сохранились, помимо названия, хоть какие-то сведения о сюжете, героях), самые значимые примечания и предисловия Достоевского-редактора к произведениям других авторов.
Приводится название произведения – полужирным шрифтом прописными буквами без кавычек (названия редакторские, например, <КАРТУЗОВ>, даются в угловых скобках); авторское жанровое определение (если есть) – полужирным шрифтом; авторский подзаголовок – полужирным курсивом; далее указаны жанр (если он не совпадает с авторским определением), место первой публикации, год, номер издания и в скобках римскими цифрами указан том ПСС, в котором помещено произведение – например: БЕЛЫЕ НОЧИ. Сентиментальный роман (Из воспоминаний мечтателя). Повесть. ОЗ, 1848, № 12. (II). Ниже в алфавитном порядке перечислены основные персонажи, краткое содержание произведения, история его создания и публикации.
Художественные и некоторые особо значимые публицистические произведения из «Дневника писателя» вынесены в отдельные статьи.
Раздел II. Здесь даны сведения об основных персонажах художественных произведений Достоевского (свыше 530) – имеющих имя и более-менее действующих, а не только упоминаемых. В некоторых случаях, когда ни имя, ни фамилия героя не названы, он выводится под «псевдонимом»-определением, под каким чаще всего фигурирует в повествовании, например: Генерал, Мальчик, Мечтатель… Персональных статей удостоены некоторые «герои»-животные, играющие определённую роль в сюжете (собака Амишка, козёл Васька, конь Танкред…)
Приводится полные фамилия, имя, отчество или фамилия, или имя персонажа (прописным написанием обозначена основная часть); при необходимости в скобках также полужирным шрифтом указано имя, под каким герой чаще всего фигурирует в повествовании, например: ДЕМЕНТЬЕВ Николай (Миколка), или другой вариант имени, отчества или фамилии: BLANCHE (mademoiselle Blanche; Бланш; m-lle Зельма); ЛУИЗА (Лавиза) ИВАНОВНА. Далее в скобках дано название произведения, в котором действует данный герой, затем основные имеющиеся о нём сведения: титул, чин, социальное положение, профессия, должность и т. п., после этого – сведения о степени его родства или взаимоотношениях с другими персонажами. После этого приведены портрет героя, его характеристика (авторская или других персонажей) и пунктир его роли в повествовании. Стоит ещё раз подчеркнуть, что, в отличие от подобного рода изданий, здесь даны не субъективные мнения-рассуждения отдельных литературоведов и критиков о герое, а фактические текстуальные сведения о нём с минимальным комментарием. В заключение статьи указаны данные (если они есть) о связи персонажа с героями других произведений Достоевского и вероятных прототипах.
Раздел III объединяет словарные статьи трёх видов (их – более 700): а) сведения о людях, так или иначе связанных с Достоевским: родных, близких, знакомых, а также деятелях литературы, науки, общественной мысли и т. п., с которыми писатель лично знаком не был, но без которых «мир Достоевского» представить невозможно (О. де Бальзак, Л. Н. Толстой); б) краткие сведения о географических местах (Старая Русса), учреждениях (Главное инженерное училище), изданиях («Время») и т. п., связанных с биографией писателя; в) некоторые слова-понятия, часто встречающиеся в текстах Достоевского или имеющие сугубо специфическое важное значение в его творчестве и жизни (фраппировать, почвенничество, стушеваться).
В статьях о персоналиях указаны фамилия, имя, отчество, годы жизни, самые общие биографические сведения и, главное, данные о связях человека с Достоевским. Понятно, что этот раздел мог включить в себя тысячи имён, но вряд ли стоит отдельно упоминать-рассказывать, к примеру, о каждом каторжнике Омского острога или учащемся пансиона Л. И. Чермака, с которыми волею судьбы Достоевский виделся-встречался, но которые не оставили ни малейшего следа в его жизни.
Рамки энциклопедии обусловили сжатость и краткость подачи материала. Но, думается, даже такие краткие сведения в 1-м разделе о романе или повести в целом и сведения во 2-м о всех героях произведения дают в совокупности полное представление о нём, а краткий биографический