Следующее упоминание идет о казаках в составе московского войска, и относится ко времени первой московско-казанской войны. Великий князь Иван Васильевич «…дворъ свои, послалъ на Каму воевати местъ Казанскыхъ съ Москвы к Галичу, Руна с казакы…». Также следует добавить, что в 1469 г. произошло экстраординарное для московского войска событие. Когда назначенный великим князем воевода, ссылаясь на отсутствие указаний из Москвы, упустил инициативу и утратил контроль над «личным составом», войско, по-казачьи встав в круг (!), избрало себе не родовитого, но популярного предводителя. Нет сомнения, что это произошло по инициативе и под непосредственным влиянием казаков, навязавших другим отрядам полюбившегося им «атамана», с чем остальным, в том числе и князьям, пришлось согласиться. Таким образом, есть основания считать 1469 г. датой начала пребывания казаков в Москве
Со времени правления царя Ивана Грозного постоянными стали упоминания о пеших и конных казаках, которые являлись частью русского войска. Впервые в летописи 1552 года о взятии Казани говорится, что казаки участвовали в штурме города-крепости.
При Иване Грозном началась служба казачества по сопровождению царских послов в Крым и обратно. Казаки за это стали получать государево жалованье.
Довольно скоро Москва поняла все значение казачества для охраны южных рубежей.
В 1571 году появился на свет первый воинский устав Русского государства, разработанный комиссией во главе с воеводой боярином Михаилом Воротынским. На основе этого устава казаков стали привлекать к пограничной службе, как городовых (полковых), так и сторожевых (или станичных).
Территориально московские казаки размещались в нынешнем Замоскворечье, в районе Китай-города и в Кадашевской слободе. Их служба с самого начала носила регулярный характер и была регламентирована специальным уставом.
Управление всеми московскими и других городов казаками в 16 веке находилось в ведении Стрелецкого Приказа. Он утверждал их на службу и увольнял с неё, выплачивал денежное жалованье, перемещал по службе, назначал в походы, определял начальствующих лиц: голов, сотников, командиров полков.
Внутреннее устройство Московских городовых казаков было таким же, как и у стрельцов. Рядовые казаки находились в подчинении у своего головы, который и набирал их на службу. Казацкий голова непосредственно подчинялся городовому воеводе или осадному голове. За службу правительство расплачивалось с городовыми казаками не только денежным жалованием, но и земельными наделами. Остальными же казаками ведал Посольский приказ.
Московское казачество и Смутное время
После того когда К. Минин и Д. Пожарский не смогли одолеть поляков, к ним присоединились казаки, которые приняли деятельное участие в освобождении Москвы. В 1612 году в решающем сражении под Москвой с войском гетмана Ходкевича отличились со своими отрядами атаманы Кручина Внуков, Афанасий Коломна, Дружина Романов, Макар Козлов и Филат Можанов. Освободительное движение в Смутное время начала XVII века началось с пламенных призывов патриарха Московского и всея Руси Гермогена, донского казака по происхождению. Первый свой приз за освобождение Москвы от поляков казаки Войска Донского получили еще в конце октября 1612 года. Тогда князья Пожарский и Трубецкой решили рассчитаться с этническими казаками Дона. В итоге расчета 11 тысяч «старых казаков» получили осязаемое, хотя и не слишком большое жалование: атаманы по семь рублей, есаулы – по шесть, вольные рядовые казаки – по пять, плюс еще небольшие «кормовые» деньги. Большинству желающих раздали ценное польское оружие (лошадь стоила по тем временам три рубля).
Именно казаки настояли на избрании царём Михаила Романова (очень интересный материал об участии казаков представлен в статье «Как казаки царя выбирали» http:// rusplt.ru/policy/Romanov-9323.html.). В январе 1613 года, когда Москва была освобождена от поляков на земском соборе, где были и представители казачества, именно они предложили кандидатом на роль царя Михаила Романова. Казакам не понравился тот случайный вариант выбора царя, который предлагался. Поэтому казаки взяли на себя роль доминировать. Они блокировали Минина и Пожарского в своих домах, не допустили их на Собор. Фактически весь Собор прошел под их диктовку. Когда царь вернулся в Москву, ему было выделено 35 лучших городовых казаков для службы при царском дворе. Новый государь вновь щедро наградил донцов, ввел для казаков Войска Донского право беспошлинной торговли во всех русских городах, выслал на Дон богатый «государев отпуск» и личное «жалованное» знамя. Кроме того, в Москве для оперативного решения всех возникающих проблем с казачеством учредили особое министерство – Казачий приказ.
Закрепление казачества как пособника государя
После Смуты русская земля лежала в развалинах, Власть была слаба. Продолжалась война с Польшей. Царское правительство было заинтересовано в поддержке казачества и поначалу шло ему на разные уступки. Царь в своей грамоте обещал им милость навеки и жалованье больше прежнего. Сами казаки были заинтересованы в сохранении тесных связей с Россией, так как в одиночку не могли