Считалось, что Святой Николай покровительствует Арбату и его жителям. Знаменитый поэт Андрей Белый называл Святого Миколу арбатским патроном. Писатель Борис Зайцев, бывший арбатский житель, в парижской эмиграции с тоской вспоминал свою бывшую малую родину, которой посвятил свои произведения, прежде всего книгу «Улица Святого Николая», в которой описал свою беззаботную студенческую юность, проведенную на Арбате.
Почему церковь получила такое название, никто уже не помнит, но считалось, что когда-то в древности в этой церкви сама собой явилась верующим исцеляющая икона Николая Чудотворца.
Первоначально здание церкви, построенное ещё при Иване Грозном, было деревянным. Церкви был пожалован обширный земельный участок, на котором, помимо церкви, находился штаб стрелецкой слободы, где первоначально оглашались все царские указы.
В конце XVI века, при Борисе Годунове здание церкви заменили на каменное. В то время в Москве было мало каменных зданий, и эта постройка считалась одной из самых значительных в Москве.
После упразднения Петром I стрелецкого войска просторные каменные постройки превратились в жилые строения, которые были переданы в собственность ландрихтера (судьи) Фёдора Манукова. По его фамилии Серебряный переулок одно время назывался Мануковым. Дочь судьи выдали замуж за офицера Преображенского полка, поручика В. И. Суворова, передав в приданое арбатскую усадьбу. Полагают, что именно в этой усадьбе и родился будущий генералиссимус Александр Суворов.
Надвратную шатровую колокольню пристроили в 1639 году, когда Москва только оправлялась от последствий Смуты. Эта колокольня стала одним из самых удачных образцов шатрового строительства в XVII веке.
Императрица Елизавета Петровна особо почитала этот храм и всегда посещала его с богатыми дарами во время своих приездов в Москву из Петербурга. Когда-то живший при церкви юродивый предсказал царский венец тогда ещё скромной и никем не признанной девице Елизавете, которую считали незаконнорожденной дочерью Петра Первого, не имеющей никаких прав на престол. Став государыней, Елизавета Петровна в благодарность пожертвовала храму Ахтырскую икону Божией Матери, которая прославилась своими чудесами. Специально для этой иконы в 1761 году гвардейский капитан Дурново оборудовал на собственные средства особый придел, куда поместили чудотворный образ.
В царствование Екатерины Второй церковь Николы Явленного тоже занимала особое место: в ней должны были приносить покаяние преступники, совершившие особо опасные государственные преступления.
Во время Отечественной войны 1812 года французы входили в Москву по Арбату, продолжающему западную Смоленскую дорогу, и неслучайно Лев Толстой упоминал эту церковь в своём романе «Война и мир», описывая попытку Пьера Безухова устроить покушение на французского императора Наполеона Бонапарта у церкви Николы Явленного.
Московский пожар 1812 года, уничтоживший почти все строения на Арбате, практически не тронул церковь Николы Явленного, которая сильно обгорела, но сохранилась, и её потом полностью восстановили на пожертвования прихожан. Уже в то время церковь Николы Явленного считалась одной из самых красивых в Москве. В 1913 году в одном из архитектурных путеводителей было записано так: «Роскошнейшие формы… надвратной шатровой колокольни… указывают, что самая выдающаяся из них принадлежит церкви Николы Явленного на Арбате». Колокольню с «изумительным скульптурным шатровым верхом» называли там «верхом изящества и вкуса».
Храм Николы Явленного был известен не только красотой, но и своей широкой благотворительностью. До самой революции просуществовало Братство Святого Николая, которое помогало беднейшим ученикам духовных семинарий и епархиальных училищ, а также опекало осиротевших детей священнослужителей. В честь 300-летия Дома Романовых Братство основало Религиозно-просветительский центр с училищем и бесплатной библиотекой. Рядом с церковью в небольшой пристройке находилась церковная богадельня.
Но после 1917 года судьба знаменитой церкви Николы Явленного оказалась такой же печальной, как и многих других московских церквей. В 1922 году по «делу о сопротивлении изъятию церковных ценностей в городе Москве» был арестован настоятель церкви, протоиерей Василий Соколов. Саму церковь закрыли, устроив в ней книжный склад.
В 1931 году, после того, как Арбат стал правительственной трассой, по которой Сталина возили на ближнюю дачу в Кунцево, участь храма была решена: церковь Николы Явленного была разрушена до основания. После сноса церкви осталась только бывшая богадельня (дом № 16) и цветочная лавка, ранее принадлежавшая церкви.
В начале 1990-х годов в печати неоднократно поднимался вопрос о восстановлении церкви Николы Явленного или хотя бы её знаменитой шатровой колокольни на частично сохранившихся старых фундаментах. За это ратовали многие деятели культуры, в том числе один из самых известных арбатских жителей Сигурд Оттович Шмидт,