И.О. Селифонтов предлагал в Томскую губернию включить Томский, Каинский, Красноярский, Енисейский, Туруханский, Нарымский, Кузнецкий и Бийский уезды. Указывал он и количество душ мужского пола в каждом из уездов, самым многочисленным оказался Бийский уезд – 41845 душ. Всего новая губерния должна насчитывать 174521 душу мужского пола.
Все предложения император Александр I Высочайше утвердил именным указом, данный Сенату 26 февраля 1804 года. «1. Все пространство, составляющее ныне Тобольскую губернию, разделить по прилагаемым при сем генеральным картам на две части, из коих первая из 9 уездов составлять будет губернию Тобольскую, а вторая из 8 уездов составит губернию Томскую».
Томская губерния включала в себя нынешние территории Республики Алтай, Алтайского края, Кемеровской, Новосибирской и Томской областей, часть Красноярского края и часть Северо-Восточных территорий ныне независимого государства Республика Казахстан. Ее территория превышала площади нескольких государств Европы.
Губернатор являлся представителем высшей правительственной власти и вместе с тем органом Министерства внутренних дел. Ему всецело подчинялась полиция губернии. Сам он назначался на должность и освобождался императором по представлению министра внутренних дел России. Губернатор контролировал все государственные органы, находившиеся в губернии, в том числе до 80-х годов в значительной мере ему были подконтрольны суды. В 1837 году вышел новый «Наказ губернаторам», который усилил их власть, провозгласил губернатора «хозяином губернии».
Закон 1866 года предписывал ему ревизовать местные финансовые органы – казенные палаты, казначейства, акцизное управление. От него зависело назначение и увольнение большинства чиновников, представление их к наградам и чинам. Губернатор по должности был председателем губернских присутствий, учреждений и комитетов, число которых доходило до семнадцати и выше. Через них он контролировал деятельность всех губернских ведомств. Количество подписываемых им бумаг доходило до 100 тысяч в год, или около 270 ежедневно.
Заниматься полицейскими делами губернаторы начали с Екатерининских времен. 2 мая 1764 года она подписала Наставление губернаторам, в разделе 17 его записано: «А как в уездах некоторых губерний разбои и грабительства… и доныне происходят, то мы… повелеваем каждому губернатору как рачителю о тишине и безопасности вверенного ему народа прилагать всевозможнейшие меры к истреблению таковых отечеству и всему человеческому роду злодеев, выведывая и искореняя их пристани».
Томская губерния имела свои особенности и отличия от других – на ее территории существовал обширный Колывано-Воскресенский (Алтайский) горный округ со своей администрацией и управлением и его лучшие земли и леса, все заводы и рудники вплоть до Февральской революции 1917 года принадлежали царской особе. И два центра было в губернии: в Томске – гражданская власть, в Барнауле – горнозаводская.
22 июня 1822 года были произведены новые административно-территориальные преобразования – вся Сибирь разделялась на две части, появились Западно-Сибирское и Восточно-Сибирское генерал-губернаторства. Вслед образована Енисейская губерния, в нее отошли от Томской Красноярский, Енисейский и Туруханский округа.
Тогда же Правительствующему сенату был дан царский указ о совмещении в одном лице звания томского гражданского губернатора и начальника Колывано-Воскресенских заводов «по уважению местных обстоятельств Томской губернии». Это решение приносило пользу горному округу, его владельцу царю, но было ущербным для губернии. Западно-Сибирский генерал-губернатор А.П. Дюгамель писал, что совмещение должностей было «…главной причиной того, что Томская губерния всегда управлялась хуже всех остальных Российских губерний. Генерал Озерский, будучи исключительно озадачен тем, что касалось алтайских заводов и, проводя половину года в Барнауле, поневоле должен был небрежно относиться к делам гражданского управления…».
Совмещение должностей длилось до 1864 года.
В 1882 году было упразднено Западно-Сибирское генерал-губернаторство, и томский губернатор стал непосредственно подчиняться центральным органам империи – министерствам, при этом сам оставался в ведомстве МВД.
В управлении губернией «хозяину» помогали вице-губернаторы (до реформы 1822 года), председатели губернского правления, с 1895 года – вновь вице-губернаторы. Но если первые вице-губернаторы председательствовали в казенной палате, занимавшейся податным делом, надзором за налоговыми поступлениями, государственным имуществом, винными откупами и подрядами, продажей соли, надзором за частной торговлей, то с 1895 года они являлись непосредственными помощниками и заместителями губернаторов по всем частям управления. В случае болезни, отсутствия или увольнения губернатора