Отправляясь в Испанию, Цезарь передал Антонию управление Италией и всеми войсками в ней, кроме столицы, которой должен был управлять претор Марк Эмилий Лепид. В его задачи входила организация снабжения столицы хлебом, решение текущих экономических вопросов, сбор флота и поддержание порядка. К моменту возвращения Цезаря в Италию Марку удалось сохранить хрупкий мир на полуострове, подготовить флот, достаточный для прорыва морской блокады и переправы через Ионическое море.
Вместе с Лепидом Антоний должен был организовать выборы магистратов на будущий год для придания Цезарю легитимности, который надеялся получить должность консула. Им не удалось провести их без консулов, которые уплыли вместе с Помпеем. Лепид при поддержке Антония организовал назначение Цезаря диктатором специально для организации выборов. Избрание на чрезвычайную должность диктатора практиковалось нередко в ранней истории Рима.
Помимо решения государственных вопросов, Антоний использовал свою власть и для собственного обогащения. Марк занял виллу Помпея и другие имения бежавших из Италии помпеянцев. Позднее, в 47 году до н. э., Цезарь написал ему из Александрии с требованием вернуть виллы законным владельцам. Из-за неоднозначных действий Антония некоторые прежде нейтральные сенаторы покинули Италию. Марк безуспешно пытался заручиться поддержкой влиятельного Цицерона, но и он сбежал к Помпею.
Глава 3 Египет, 48 год до н.э.
Помпей уплывает в Грецию, тогда Цезарь, круто разворачиваясь, ведет свои легионы в Испанию, где сосредоточены основные силы Помпея и сначала разбивает «войско без полководца» в пух и прах. Затем переправляется в Грецию, где без особого труда побеждает «полководца без армии». Большой вклад в победу внес Децим Брут, который воевал под командованием Цезаря. Во время Гражданской войны на него снова были возложены функции флотоводца.
Для того, чтобы отрезать Помпея от его легионов в Испании, Цезарь приказал Дециму Бруту организовать морскую блокаду греческой колонии Массилии (ныне Марсель). В течение 30 дней Децим Брут построил с нуля флот и обеспечил капитуляцию Массилии.
Разлад и раздоры в семье правящей династии Птолемеев после смерти отца серьезно беспокоили Рим. Из Греции Цезарь в погоне за Помпеем отправляется в Египет, где не мог не вмешаться в раздоры тамошних правителей.
9 августа 48 года до н. э. возле Фарсала состоялось сражение, оказавшееся решающим. Разбираться с ситуацией в Египте после серии победоносных сражений в 48 году до н.э. прибыл сам Юлий Цезарь.
На Кипре Гней отправил письмо к Птолемею