Цезарь остро нуждался в преданных помощниках и офицерах, Антоний постепенно превращается в его правую руку. Он успешно осуществлял поручения Цезаря. Юлий вновь посылает Антония в качестве трибуна для решения столь важного и щепетильного вопроса власти
1 января 49 года до н.э. трибуны Марк Антоний и Квинт Кассий Лонгин доставили в Рим письмо Цезаря с предложением о мире на условии взаимных уступок. Противники Цезаря блокировали оглашение письма на заседании Сената, Антонию вместе с Кассием пришлось добиваться его прочтения.
Угрозы и наступление Цезаря в 49 году до н. э.
В письме Цезарь угрожал началом войны, если Помпей не сложит полномочия. Эта угроза окончательно настроила Сенат против Цезаря, хотя там было ещё немало сторонников примирения. Закон требовал от Цезаря распустить войска, иначе он объявлялся врагом государства. Официального ответа не последовало. В последующие дни Антоний вёл переговоры о гарантиях неприкосновенности Цезаря до следующего консульства от его имени, но все его предложения неизменно отклонялись.
7 января 49 года до н. э. Сенат добился принятия чрезвычайного закона, который наделял Помпея самыми широкими полномочиями. Попытки трибунов наложить вето на чрезвычайный декрет не удались: им угрожали расправой. В первую ночь после принятия чрезвычайного закона Антоний и Кассий, переодевшись рабами, бежали из столицы после угроз со стороны Сената в лагерь Цезаря на северном берегу реки Рубикон.
Угроза священной неприкосновенности народных трибунов послужила для Цезаря предлогом для вторжения в Италию. Тем временем Цезарь выступил на сходке перед солдатами, которых он просил защитить священные права трибунов, попранные самим Сенатом, и восстановить его очернённую репутацию. Солдаты полностью поддержали полководца.
10 января 49 года до н. э. Цезарь перешёл через реку Рубикон, отделявшую Италию от Галлии, начав тем самым гражданскую войну. Значительно возросла роль Антония в годы гражданской войны 49—48 гг. до н. э. Цезарь приказал захватить город на стратегически важной Кассиевой дороге, что Марк успешно осуществил. Антоний ловко маневрировал вместе с Цезарем.
Через несколько дней, когда известия о выступлении Гая достигли Рима, Помпей признал неготовность к отражению нападения. Но в Сенате победило предложение Катона: сражаться с Цезарем под командованием Помпея. Цезарь настаивал на личной встрече с бывшим коллегой по триумвирату, выдвигал предложение распустить армию одновременно с Помпеем и участвовать в выборах консулов.
Помпей отступил в Капую, где были сосредоточены лояльные войска. Первоначально планировалось соединение сил Помпея и Агенобарба, но оно было сорвано внезапным появлением Цезаря под Корфинием. Несмотря на численное превосходство Агенобарба (приблизительно три легиона против двух), его солдаты после семи дней осады сдали Цезарю