Как и было принято, мать Щусева, Мария Корнеевна, не работая, всецело занималась воспитанием детей. Будучи более чем на два десятка лет моложе мужа, человеком она была начитанным и хорошо образованным, знала несколько иностранных языков. Любовь к наукам и искусству прививала своим детям с первых лет их сознательной жизни. Мария Корнеевна хорошо рисовала, быть может, это ее увлечение и развилось впоследствии в дар, которым обладал ее сын Алексей. Ни галерей, ни музеев в Кишиневе в ту пору не водилось, однако, видя, что Алексей начинает заглядываться на репродукции Тициана и Рубенса, она не только не препятствовала этому, а даже старалась не отвлекать сына домашними делами.
Главную свою задачу родители видели в том, чтобы вывести своих детей в люди, дать им разностороннее образование. А это было не так-то просто в условиях отдаленности от столицы и провинциальности кишиневской жизни. Да и безденежье давало о себе знать. Дети взрослели, а пенсия Виктора Петровича не позволяла особенно шиковать. Так что забот в семье хватало. И надо отдать должное Алексею: пока старшие братья учились в гимназии, он старался по возможности помогать матери.
У Алексея Щусева была старшая сестра Мария (дочь отца от первого брака) и три брата – Сергей, Петр и Павел. Все они, благодаря родителям, получат высшее образование. Мария и Петр изберут для себя медицинскую профессию – сестра, окончив Высшие женские медицинские курсы в Санкт-Петербурге, станет земским врачом, а старший брат, выпускник Императорской Военно-медицинской академии в Петербурге, отправится в Эфиопию с отрядом Красного Креста лечить местных жителей. Петр Викторович Щусев будет учиться у академика Ивана Петровича Павлова и работать с ним в Институте экспериментальной медицины. Он оставил значительный след в русской медицине, написав по итогам своей экспедиции на Дальний Восток в 1911 году научные труды по борьбе с чумой. Позднее Петр Щусев эмигрирует в США, где войдет в круг общения многих выдающихся людей, среди которых композитор Сергей Рахманинов и скульптор Сергей Коненков, создавший его портрет (ныне в Третьяковской галерее). Скончался Петр Щусев в 1934 году.
Другой брат, Сергей Викторович Щусев, окончив естественный факультет Одесского университета, сосредоточится на сельскохозяйственных науках, в качестве приват-доцента будет преподавать почвоведение в Московском университете. Со своими лекциями он объедет почти всю Российскую империю, выступая перед самой широкой аудиторией – студентами, крестьянами, посвятив себя изучению вопроса повышения плодородия почв. И наконец, ближе всех к Алексею Щусеву по своему профессиональному призванию окажется младший брат, Павел Викторович, который станет инженером-мостостроителем и членом-корреспондентом Академии архитектуры. Так скажется влияние старшего брата. Судьба подарит им удивительную возможность работать вместе, в том числе над восстановлением послевоенного Кишинева. А после смерти Алексея Викторовича, в 1953 году, выйдет фундаментальный труд Павла Щусева «Мосты и их архитектура». Для нас не менее важны и интереснейшие воспоминания Павла Викторовича о выдающемся брате-архитекторе.
Большая и дружная семья Щусевых проживала в Кишиневе в собственном доме на Леовской улице (ныне в здании – мемориальный дом-музей архитектора). В 1881 году Алексей Щусев поступает во 2-ю Кишиневскую мужскую гимназию. Уже в первом классе он проявляет неординарные способности к рисованию, выгодно отличаясь среди сверстников. Алексей усердно и заинтересованно занимается в изостудии при гимназии, удостоившись похвального листа. Был и еще один важный подарок – первые в его жизни краски, акварельные. Мальчик мечтал стать живописцем… А большой набор с красками ныне хранится в доме-музее.
Жизнь тем временем готовила семье тяжелые испытания. В феврале 1889 года почти день в день дети остались круглыми сиротами. Сначала от многочисленных хворей умер отец, Виктор Петрович, а затем, через сутки – мать, Мария Корнеевна, не пережившая кончины любимого супруга. Жизнь в доме Щусевых остановилась в один миг. Все, что занимало мысли пятнадцатилетнего Алексея, его надежды на будущую, такую прекрасную жизнь, все это рухнуло в глубокую, зияющую свой пустотой пропасть отчаяния. Но он проявляет несвойственную обычно в таком возрасте стойкость и мужественность, ведь на его плечи ложится ответственность за младшего брата Павла. Алексей, не желая сидеть на шее у родственников, решает зарабатывать на жизнь репетиторством, подтягивая в учебе младших гимназистов.
Наконец в июне 1891 года Алексей Щусев оканчивает 2-ю Кишиневскую гимназию, получив возможность реализовать свою главную