В первой половине 1690-ых семейная жизнь Петра разладилась. Царица Евдокия, воспитанная в домостроевских традициях, не разделяла реформаторских взглядов мужа. Боярин Борис Иванович Куракин, женатый на ее сестре Ксении, вспоминал: «И была принцесса лицом изрядная, токмо ума посреднего и нравом не сходная к своему супругу, отчего все счастие свое потеряла и весь род свой сгубила… Правда, сначала любовь между ими, царем Петром и супругою его, была изрядная, но продолжалася разве токмо год. Но потом пресеклась; к тому же царица Наталья Кирилловна невестку свою возненавидела и желала больше видеть с мужем ее в несогласии, нежели в любви. И так дошло до конца такого, что от сего супружества последовали в государстве Российском великие дела, которы были уже явны на весь свет…»
Б.И.Куракин весьма нелестно характеризовал род Лопухиных, оказавшийся «на виду» по случаю: «… люди злые, скупые ябедники, умов самых низких и не знающие нимало в обхождении дворовом… И того к часу все их возненавидели и стали рассуждать, что ежели придут в милость, то всех погубят и государством завладеют. И, коротко сказать, от всех были возненавидимы и все им зла искали или опасность от них имели». Евдокия оказалась замешана в Стрелецком бунте; в дальнейшем продолжала общаться с политическими противниками мужа.
В царской семье родилось трое сыновей: Алексей (1690-1718), а также Александр и Павел, умершие в младенчестве. Ок. 1691-1692 у Петра начался роман с А.Монс и отношения с женой еще более ухудшились. Петр пытался уговорить Евдокию принять добровольный постриг, но она отказалась, ссылаясь на малолетство сына. 23 сентября 1698 Евдокию под конвоем отправили в Суздальско-Покровский монастырь, где она была пострижена под именем Елены. В 1709 или 1710 Евдокия стала жить как мирянка и сошлась с майором Степаном Глебовым, которого знала с детства.
Посланный для розыска капитан-поручик Скорняков-Писарев доставил прелюбодеев в Москву. 20 февраля 1718 в Преображенском застенке состоялась очная ставка С.Глебова и Е.Лопухиной. Майор не стал отпираться: «И сошелся я с нею в любовь через старицу Каптелину и жил с нею блудно». Старицы Мартемьяна и Каптелина, выступавшие свидетельницами, показали, что своего любовника «инокиня Елена пускала к себе днем и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон». Повинилась во всем и сама Евдокия: «Я с ним блудно жила в то время, как он был у рекрутского набора, в том и виновата».
С.Глебова обвиняли также в государственной измене и подстрекательстве народа «против Его величества». Но этой вины он за собой не признал. Австрийский дипломат Плейер писал на родину: «Майор Степан Глебов, пытанный в Москве страшно кнутом, раскаленным железом, горящими угольями, трое суток привязанный к столбу на доске с деревянными гвоздями, ни в чем не сознался». С.Глебова посадили