В летописи под 1237 г. впервые упоминается город Белгород. В следующем году вся Белгородская земля была разорена монголо-татарами, и от этого сокрушительного удара уже не оправилась. Города ее пришли в запустения и время от времени стали подвергаться вражеским набегам. Вероятно тогда же, самостоятельная Белгородская епархия прекратила свое существование, а ее земли перешли под власть владык Киевских и Московских.
В XV–XVI вв. древний Белгород был укреплен как пограничный пункт, защищающий южные границы Московского государства от крымских татар.
По указу царя Федора Ивановича от 1593 г., в Белгороде была построена мощная крепость. Она стала центром Белгородской засечной черты – линии оборонительных укреплений, возведенной на южных рубежах Руси в XVI–XVII вв.
В 1661 г. Белгород посетила Курская икона Божией Матери. Принесение иконы в Белгород состоялось по прошению местного воеводы князя Ромодановского. Сам князь, с духовенством и воинством, встречал святыню, несколько дней в Белгороде перед иконой служили молебны.
В 1667 г. по постановлению Большого Московского Собора, для более успешного пастырского окормления отдаленных окраин России, в Белгороде была вновь учреждена архиерейская кафедра. Она получила тридцать восемь городов, заняла обширные территории, впоследствии поделенные на Воронежскую, Харьковскую и Курскую епархии. Примечательно, что уже тогда она была поименована митрополий, а ее иерархи – митрополитами Белгородскими и Обоянскими. Первым митрополитом стал серб Феодосий.
Еще одной особенностью епархии было то, что она являлась окраинной епархией юга России, а священнослужителям ее вверялась миссия христианского просвещения. За период существования Белгородской епархии ее возглавляли семнадцать архиереев. Многие из них внесли заметный вклад в историю и культуру России.
В 1720 г. скончался шестой митрополит Белгородский и Обоянский Иларион. Последующие владыки были уже низведены до сана епископов или архиепископов (исключением являлся лишь митрополит Белгородский и Обоянский Антоний (Черновский), возведенный в сан митрополита еще до назначения на Белгородскую кафедру). Тем не менее, сама епархия по прежнему охватывала обширную территорию. В нее входили города Курск, Харьков, Ахтырка, Изюм, Сумы, Обоянь, Суджа и другие. Белгородская епархия граничила с Киевской, Азовской и Воронежской епархиями. Ее приходы увеличились вследствие Шведской войны, а также политике Петра I по принудительному переселению в донские степи.
Епископ Белгородский и Обоянский Епифаний (Тихорский; 1722–1731),