На следующий год Домагк был выдвинут снова. На этот раз – коллегами из Англии, и теперь в Комитете возникло определенное мнение, что пронтозил является открытием, достойным премии. Этот вопрос обсуждался в Каролинском институте через полтора месяца после того, как разразилась Вторая мировая война. Некоторые из членов Комитета пребывали в сомнении, в то время, как другие отстаивали ту точку зрения, что следует, как и обычно, строго придерживаться правил. Нобель сформулировал свою волю следующими словами: «Выражение моей воли таково: Премия должна присуждаться вне зависимости от национальности кандидата, ее должен получить достойнейший, невзирая на то, является ли он скандинавом, или нет».
При подобных обстоятельствах не было никакого сомнения, что премию следует присудить Домагку, и действительно, в этот момент не было ни одного столь же достойного кандидата. Для международного престижа премии, а также единения присуждающих ее ученых было исключительно важно, чтобы завещание исполнялось буквально, даже во время политической нестабильности, включая войну. Что касается немецких ученых, то имелись серьезные основания полагать, что они будут приветствовать вручение награды, невзирая на официальное запрещение гитлеровского правительства.
Подавляющее большинство профессоров Каролинского института также высказалось в пользу присуждения премии Домагку. Ситуация стала известна немецкой дипломатической миссии в Стокгольме, результатом чего явилась телеграмма в Министерство иностранных дел Швеции из Берлина, в которой говорилось, что присуждение Нобелевской премии немецкому подданному является «абсолютно нежелательным». Текст этой телеграммы был передан по телефону секретарю Нобелевского комитета, который поинтересовался, может ли Министерство иностранных дел Швеции прокомментировать немецкое заявление. Поскольку комментариев не последовало, Каролинский институт счел себя вправе действовать согласно существующему положению. Каролинский институт подавляющим большинством голосов присудил премию за 1939 год Герхарду Домагку за его открытие антибактериального действия пронтозила. Однако надо сказать, что под давлением нацистского аппарата Домагк помимо своей воли вынужден был письменно отказаться от премии.
Практика отказа лауреатов от получения наград вызвала необходимость изменения некоторых правил. Новое принятое правило гласило, что в том случае, если лауреат отказывается получить премию или не может получить деньги до 1-го октября следующего года, премия должна быть возвращена Нобелевскому фонду.
Во время Второй мировой войны Нобелевских празднований в Стокгольме не проводилось. В течение 1940–1942 годов премии вообще не вручались.