1893 елның кышында әтисе укырга омтылышы зур булган зирәк улын үзләреннән ерак булмаган Үтәш авылы мәдрәсәсенә бирә. Бәхетсезлеккә каршы, Мәҗитнең бу мәдрәсәдә укуының беренче елында ук кыш көне – әтисе, март айларында әнисе Марзия дә үлеп китә. Унөч яшеннән тулы ятим булып калган балага тормыш итү һәм белем алу бик авырга туры килә.
Белем алуга булган эчке ихтыяҗ һәм үзендәге табигый мөмкинлекләрне тоемлау аркасында, малай бернинди каршылыклар алдында да туктап калмый. Җәй айларында авыр хезмәт белән акча табып, өс-башын карый, мәдрәсәдә акчалырак шәкертләргә аш-су әзерләп, китап күчереп язып тамагын туйдыра. Белемнең күңеленә хуш килгәнен эзләп, ул төрле мәдрәсәләрдә була.
Ике кыш Үтәш мәдрәсәсендә укыганнан соң, 1896 елда Уфага «Госмания» мәдрәсәсенә килә. Әлбәттә, ярлы егеткә биредә уку бәхете тими, ул Уфадан ерак булмаган Кыешкы (хәзерге Кырмыскалы районы Иске Кыешкы авылы) мәдрәсәсенә туктала һәм декабрь аена кадәр шунда укый. Аннан, туган авылына кайтып, ике кыш Уфадан килгән Җамалетдин исемле яшь мулладан дәресләр ала һәм үзе дә аңа балалар укытуда булыша.
1898 елның җәендә 450 чакрым чамасы араның күбрәген җәяүләп үтеп, Рәсәйнең мәшһүр мәдрәсәләренең берсе – Троицкидагы «Рәсүлия» гә килә. М. Гафури, анда укыганда, олы хезмәт мәктәбен уза: җәйләрен, казах-кыргыз даласына чыгып, балалар укыта, Рәмиевләрнең – алтын, Яушевларның торф приискаларына сезонлы хезмәткә яллана.
«Рәсүлия» мәдрәсәсендә укыган елларда иҗат эшенә тартылып китә. «Фәкыйрьлек берлә үткән тереклек» хикәясе (1902) һәм «Себер тимер юлы, яки Әхвәле милләт» (1902), «Вә иннә мин әш-шигъри ли хикмәтин» (1903), «Яшь гомерем» (1903) кебек күләмле шигъри әсәрләре мәдрәсәдә укыган, казах даласында мөгаллимлек иткән елларда языла.
Иҗатының тәүге адымнарыннан ук шагыйрь гаделлек булмаган, бөтен нәрсә акчага корылган тормыштан ризасызлык белдерә, мәдәни яңарыш, милли-мәдәни тәрәккыят тарафдары буларак чыгыш ясый, мәгърифәтчеләрдән килгән акыл культын олылауның чикләрен киңәйтеп, техник прогресска дан җырлый. М. Гафури, шигъриятендәге кебек үк, «Фәкыйрьлек берлә үткән тереклек», «Ярлылар, яки Өйдәш хатын» әсәрләрендә дә «Иҗтиһад юк, әдәп юк, бу – фәкыйрьлеккә китерә, һәр фаҗиганең башы – шунда» дип, асылда, мәгърифәтчелек карашларын алга сөрә.
1905 ел ахырларында М. Гафури «Буби» мәдрәсәсенә юл тота, тик бу уку йорты да аның күңеленә хуш килеп бетми, һәм ул Казанга юнәлә. Аның биредәге «Мөхәммәдия» мәдрәсәсендә укыган вакытлары Рәсәйдә инкыйлаби тартышларның киң җәелгән һәм көчәйгән көннәренә туры килә. Татар халкының милли азатлык хәрәкәте җанлана. Болар барысы да яшь егеткә көчле тәэсир ясый. Күңелендәге хисләр өермәсе тышка бәреп чыга, ул илдә, шулай ук Казанның үзендә дә барган олы вакыйгалар, иҗтимагый-сәяси үзгәрешләр нәтиҗәсендә туган хис-кичерешләрен, өмет-ышанычларын милләттәшләре белән уртаклашырга, бу көрәштә үз авазын ишеттерергә омтыла. «Яшь гомерем» исемле шигырь мәҗмугасын тәмамлап нәшриятка бирә (Казан: Шәрәфләр матбагасы, 1906)[2]. Моннан тыш, яңа гына чыга башлаган «Казан мөхбире», «Йолдыз» кебек газеталарда шигырьләр, мәкаләләр белән чыгыш ясый. Шул чорның күтәренке сулышы белән күңелендә туган тәэсирләр йогынтысында язылган «Милләтемә шатлык шигыре» ндә (1905) ул халкыбызның киләчәген тоташ нурга манып сурәтли, «Өндәү», «Вакыт җитте кузгалырга!..» кебек тезмәләрендә татарларга мөрәҗәгать итеп, аларны кузгалырга чакыра, «мәгариф шәмгыданын кулга алырга» өнди.
1906 елда Уфаның «Галия» мәдрәсәсе ачыла, һәм М. Гафури инде Казанга килеп тормый, әлеге мәдрәсәгә урнаша, монда бер ел рәсми рәвештә, ике ел ирекле тыңлаучы буларак белем ала. Биредә ул «Милли шигырьләр» циклына кергән әсәрләрен иҗат итә. «Мәктәпләрдә шәкертләр укырлык төрле шигырьләргә бик зур ихтыяҗ күренә, һәм күргән бер мөгаллим мәктәп балалары өчен махсус шигырьләр язылуын миннән сорыйлар. Шул тәэсирләр аркасында «Милли шигырьләр» исемендәге шигырьләрне яздым», – дип искә ала ул үзе бу хакта.
1907–1909 елларда М. Гафури аеруча актив иҗат итә. Аның Казан, Оренбург, Уфа нәшриятларында дистәгә якын шигырьләр җыентыгы, тугыз хикәя китабы басыла, газета-журналларда исә байтак кына публицистик мәкаләләре дөнья күрә. Әдип 1909 елдан бары иҗат эше белән генә шөгыльләнә башлый. Шул елның августында ул үзе кебек үк ятимлек аркасында тормыш авырлыкларын шактый күп күреп үскән Зөһрә (1891–1938) исемле кыз белән гаилә кора, бераздан уллары Әнвәр (1910–1977) һәм Халит (1919–1935) туа. Шәхси тормышы беркадәр көйләнгән, иҗаты да танылып килгән бер мәлдә – 1911 елда – шагыйрьнең Казанда ике мәртәбә басылган (1907, 1911) «Милләт мәхәббәте» исемле китабы патша цензурасына эләгә. «1906 елдан 1907